Vor zwei Jahren dachte Jason Bourne (Matt Damon), er wäre seiner Vergangenheit endgültig entkommen. Doch nun steht seine Vergangenheit wieder vor der Tür...

Bei einer riskanten Geheimaktion in Berlin kommt ein CIA-Agent ums Leben. Interne Untersuchungen fördern schnell einen Fingerabdruck des Täters zu Tage. Es ist der Fingerabdruck von Jason Bourne. Bourne war einst ein hochspezialisierter Agent und Killer, der für den US Geheimdienst die Kohlen aus dem Feuer holte. Seit zwei Jahren war er spurlos verschwunden.

Im Zuge der Ermittlungen stellt CIA-Mitarbeiterin Pamela Landy (Joan Allen) Nachforschungen über den mysteriösen Top-Agenten an. Alles scheint zunächst darauf hinzudeuten,  dass Bourne in das Mordkomplott verwickelt ist. Aber Landy wird misstrauisch. Die Puzzelstücke wollen einfach nicht richtig zusammenpassen...

Noch hat Jason Bourne keinen blassen Schimmer von dem, was sich da hinter seinem Rücken zusammenbraut. Es scheint, dass er und Marie (Franka Potente) schon viel zu lange ein anonymes Leben im Untergrund führen, das von ständigem Ortswechsel geprägt ist. Getrieben von bruchstückhaften Albträumen und überschattet von einer Vergangenheit, an die er sich nicht erinnern kann, ziehen Bourne und Marie von Stadt zu Stadt und versuchen dabei,  der latent tödlichen Bedrohung immer einen Schritt voraus zu sein. Jeder Blick eines Fremden, jeder Anrufer, der „falsch verbunden“ sagt, könnte das Ende der Tarnung und damit den sicheren Tod bedeuten.

Vor allem Bourne ist sich jeden Augenblick bewusst, dass er ohne jegliche Vorwarnung zurück in jene Welt hineingezogen werden könnte, die er weit hinter sich gelassen zu haben hofft.

Goa, Indien. Als in dem idyllischen Küstenstädtchen, wo Bourne und Marie vorübergehend ein Zuhause gefunden haben, plötzlich ein russischer Killer auftaucht, lassen die beiden alles stehen und liegen und versuchen diesen Ort so schnell wie möglich zu verlassen. Sie wissen nur zu gut: Die einzige Möglichkeit zu überleben liegt in der Flucht. Doch diesmal scheint das Schicksal sie im Stich zu lassen...

Wenn eine bestimmte Grenze aber erst überschritten ist und es in einem neuen, weltweiten Katz-und-Maus-Spiel um noch höhere Einsätze geht als beim ersten Mal, dann kehrt der 6 Jason Bourne zurück, den Treadstone - die zerschlagene US-Geheimorganisation, die kaltblütige Berufsmörder ausbildete - erschaffen hat. Und aus dem Schläfer Jason Bourne wird wieder eine eiskalte und tödlich präzise Kampfmaschine. Ihr Ziel: Die wahren Mörder des CIA-Agenten zu enttarnen und aufzudecken, wer und was hinter dieser Verschwörung steckt...